El sistema de calificación anual busca evaluar el desempeño y las aptitudes de cada funcionario y funcionaria del estamento Administrativo, con una antigüedad mínima de 6 meses. Acá se mide Rendimiento, Condiciones Personales y Comportamiento, a través de factores o subfactores, donde la jefatura directa pone una nota que va desde 1 (la más baja) a 10 (la más alta) en cada ítem, para luego promediar la nota final.
El informe de esta pre evaluación se entrega a la Junta Calificadora, compuesta por los y las 5 integrantes del Funcionariado de mayor jerarquía (excluyendo al Rector) junto a un representante del Personal. Esta instancia valida o corrige la nota final, que finalmente es comunicada al funcionario o a la funcionaria. Se puede apelar a la nota con un recurso dirigido al Rector, quien se encarga de revisar los antecedentes y definir la nota final.